الامراض الفسيولوجية او امراض الخلل الوظيفى تتسبب فى ظهور بعض الامراض على ثمار او المجموع الخضرى فى الفلفل ومنها الامراض الاتية :
اولا : مرض لفحة الشمس او مرض لسعة الشمس / Sun Scald :
يعتبر مرض لفحة الشمس او لسعة الشمس من الامراض الفسيولوجية التى تصيب ثمار الفلفل وتسبب تشوهات حادة بالثمار .
اسباب ظهور مرض لفحة الشمس او لسعة الشمس فى الفلفل :
١ – تظهر الاصابة بمرض لفحة الشمس فى جانب من الثمرة الذى يتعرض لاشعة الشمس القوية خاصة اذا حدث ذلك بصورة فجاءية كما هو الحال عند فقد النباتات لجزء كبير من الاوراق عند الاصابة ببعض الافات الحشرية.
٢- يكون نسيج الاوراق المصابة فاتح اللون فى البداية ثم يصبح طريا و مجعدا الى حدا ما .
٣ – عند اشتداد الاصابة يصبح نسيج المصاب جافا و غاءرا و ابيض اللون .
٤ – قد ينمو على النسيج المصاب قطريات مختلفة مما يؤدى الى تغيير لونها .
مكافحة مرض لفحة او لسعة الشمس فى الفلفل :
١ – مقاومة الافات الحشرية التى تتسبب فى سقوط اوراق النباتات وتقلل من المجموع الخضرى للنباتات .
٢ – يجب مراعاة عدم تعطيش نباتات الفلفل على الاطلاق .
ثانيا: مرض تشقق الثمار فى الفلفل :
تحدث تشققات الثمار فى الفلفل نتيجة اختلال التوازن الماءى الناتج عن تعطيش نباتات الفلفل ثم الرى بغزارة وخاصة عند اكتمال نمو الثمار مع ارتفاع درجات الحرارة .
كذلك تحدث تشققات الثمار فى نباتات الفلفل عند زيادة عنصر النيتروجين او نقص عنصر البوتاسيوم فى اختلال فى العناصر السمادية سواء بالنقص او الزيادة ، لذا يجب العمل على التوازن الغذاءى لنباتات الفلفل .
ثالثا : مرض تشوهات ثمار الفلفل :
مرض تشوهات ثمار الفلفل من الامراض الفسيولوجية او من أمراض الاختلال الوظيفى فى نباتات الفلفل حيث انه من اهم الاسباب لظهور التشققات فى ثمار الفلفل الاتى :
١ – انخفاض درجة الحرارة اثناء التلقيح و الاخصاب .
٢ – تعطيش نباتات الفلفل خاصة اثناء عملية التزهير والعقد .
كما انه عند عدم تنظيم عملية الرى وتعريض نباتات الفلفل للعطش الشديد يحدث انخفاض فى عدد البذور فى الثمار او عدم تكونها وكذلك قد يحدث فشل فى عملية التلقيح و الاخصاب .
رابعا : اضرار الصقيع على نباتات الفلفل :
عند حدوث ارتفاع فى ز السيقان باللون البنفسجي ويرجع السبب فى ذلك عند انخفاض درجات الحرارة الى الحد الذى يصعب معه امتصاص عنصر الفوسفور رغم توفرة فى التربة .
وتعرف الثمار عند ذلك باسم الزراير ، و لتلافى ذلك و تقليل الضرر من انخفاض درجات الحرارة مع ارتفاع نسبة الصقيع يتم رش نباتات الفلفل بعنصر الفوسفور ٢ ٪ ، او التعفير بالكبريت وخاصة عند توقع انخفاض درجات الحرارة او توقع حدوث الصقيع .